Lê Hữu Trác xuất thân trong một gia đình khoa bảng. Ông nội là Lê Hữu Danh, đậu nhị giáp tiến sĩ, làm quan đến chức Thượng thư dưới triều Lê Dụ Tông. Cha ông là Lê Hữu Mưu, đỗ Tam giáp tiến sĩ, làm thị lang Bộ Công dưới triều Lê Dụ Tông, gia phong chức Ngự sử, tước Bá; khi mất được truy phong Thượng thư. Mẹ ông là bà Bùi Thị Thường quê xứ Bàu Thượng, xã Tình Diệm (nay là xã Quang Diệm) huyện Hương Sơn, Hà Tĩnh. Anh trai là Lê Hữu Kiểm đậu Tam giáp tiến sĩ. Lê Hữu Trác mất ngày Rằm tháng Giêng năm Tân Hợi, niên hiệu Quang Trung thứ tư (1791) tại quê mẹ thọ 67 tuổi.

Sinh ra và lớn lên trong một giai đoạn lịch sử đầy biến động vì nạn tranh giành quyền lực giữa các tập đoàn phong kiến dưới thời vua Lê chúa Trịnh, Lê Hữu Trác thấu hiểu nỗi cơ hàn của người dân lao động nghèo khổ trong cảnh giặc giã đói rét bệnh tật.

Tượng Hải thượng Lãn Ông ở Hương Sơn (Hà Tĩnh).

Trong khi các nhà nho đương thời chỉ dùi mài kinh sử đua tranh trên nấc thang danh vọng thì đối với ông "trường đời danh lợi đã gửi cho nước trôi mây nổi từ lâu". Mặc dù đang làm tướng được Chúa Trịnh nể tài, trọng dụng nhưng vốn chán ghét cảnh binh đao, nhân lúc người anh mất, ông bèn dứt khoát "bẻ tên cởi giáp" quay về Hương Sơn nuôi mẹ, dạy cháu và quyết chí học nghề Y. Rồi ông được thầy thuốc Trần Độc (làng Trung Cần, huyện Thanh Chương, Nghệ An) chữa bệnh và dạy cho nghề thuốc.

Vốn sẵn sự uyên thâm về thiên văn địa lý nhân sự và tài "Nhâm cầm độn toán" trong pháp thuật Âm - Dương nên ông học thuốc rất nhanh. Ông luôn tâm niệm: "Đạo làm thuốc là một nhân thuật, chuyên lo tính mạng con người, phải lo cái lo của người, vui cái vui của người, chỉ lấy việc chữa bệnh cứu người làm nhiệm vụ của mình, không được cầu lợi kể công". Và suốt quãng đời 40 năm còn lại, ông phấn đấu không mệt mỏi để thực hiện ước vọng cao cả của mình: "Tôi đã hiến thân cho nghề thuốc nên lúc nào cũng muốn dồn hết khả năng trước thuật rộng rãi để dựng nên ngọn cờ đỏ thắm giữa Y trường"

Là một người thầy thuốc, trước hết Lê Hữu Trác đề cao Y đức. Ông nói: "Tôi thường thấm thía rằng: thầy thuốc là người có nhiệm vụ bảo vệ sinh mạng người ta; lẽ sống chết, điều phúc họa đều ở trong tay mình xoay chuyển, lẽ nào người có trí tuệ không đầy đủ, hành động không chu đáo, tâm hồn không khoáng đạt, trí quả cảm không thận trọng mà dám theo đòi bắt chước nghề Y".

Ông đặt ra cho người thầy thuốc chân chính 8 chữ: Nhân - Minh - Đức - Trí - Thành - Lượng - Khiêm - Cần (Nhân ái - Sáng suôt - Đức độ - Hiểu biết - Rộng lượng - Thành thực - Khiêm tốn - Cần cù); đồng thời đề ra 8 tội cần tránh: Lười biếng - Dốt nát - Keo kiệt - Tham lam - Dối trá - Bất nhân - Hẹp hòi - Thất đức. Ông kịch liệt phê phán bọn người lợi dụng nghề Y để mưu lợi: "Bắt bí người ta trong đêm mưa gió khó khăn... bệnh dễ thì trộ là bệnh khó, bệnh khó thì dọa là bệnh chết, dối người để đạt mưu cầu của mình... Đối với kẻ giàu sang thì sốt sắng để mong được lợi, đối với người nghèo khó thì lạnh nhạt thờ ơ... Than ôi! Đem nhân thuật làm chước dối lừa, thay lòng nhân đức đổi ra lòng buôn bán, khiến người sống trách móc người chết oán hờn, không thể nào tha thứ được".

Suốt đời ông tận tụy với bệnh nhân không quản đêm hôm mưa gió, đường sá xa xôi cách trở, kể cả khi đang bị ốm... ông đều đến tận nơi xem bệnh cụ thể rồi mới bốc thuốc. Bệnh nặng cần mua thuốc tốt, ông sẵn sàng bỏ tiền ra mua để cứu sống bệnh nhân dù biết rằng sau này bệnh nhân không có khả năng trả. Ông thận trọng chu đáo kể cả khi chữa lở ghẻ cũng không cho là "tiểu tật" mà qua loa xong chuyện. Ông hy sinh cả thú vui riêng tư "mang rượu trèo non chơi bời ngắm cảnh" vì "nhỡ khi vắng mặt ở nhà có người đến cầu bệnh nguy cấp thì phụ lòng trông đợi của họ, lỡ nguy hại đến tính mệnh...". Ông hết lòng thương yêu người bệnh đặc biệt đối với tầng lớp nghèo khổ vợ góa con côi, bởi lẽ "Kẻ giàu sang không thiếu gì người săn sóc, người nghèo hèn không đủ tiền để mời mọc danh y". Ông tôn trọng nhân cách người bệnh và luôn nghiêm khắc với bản thân: "Khi khám bệnh cho phụ nữ hoặc ni cô gái góa phải có người khác bên cạnh để ngăn ngừa sự ngờ vực. Dù đến hạng người "buôn son bán phấn" cũng phải giữ cho lòng mình ngay thẳng, coi họ như con nhà tử tế, chớ nên đùa cợt chớt nhã mà mang tiếng bất chính và chuốc lấy hậu quả tà dâm".

Lê Hữu Trác luôn luôn là người biết tự trọng, không luồn cúi công danh phú quý, nịnh hót kẻ giàu sang; luôn khiêm tốn học hỏi, không tự cao tự đại, tôn trọng đồng nghiệp và giúp đỡ họ tranh thủ sự đồng tình của họ. Ông nói: "Khi gặp người cùng nghề rất nên khiêm tốn hòa nhã, cẩn thận, chớ nên coi rẻ xem nhờn. Đối với người cao tuổi thì nên cung kính, đối với người có học thì tôn thờ như bậc thầy, đối với kẻ kiêu ngạo thì nên nhún nhường, đối với người còn non nớt thì nên dìu dắt, giữ được lòng đức hậu như vậy là điều phúc lớn!".

Ngoài việc đề cao Y đức, Lê Hữu Trác là người đầu tiên trong lịch sử y học Việt Nam đặt nền móng xây dựng học thuật. Ông tìm hiểu sách vở khắp các nhà và đúc kết kinh nghiệm bản thân xây dựng nên hệ thống lý luận y học dân tộc và chú trọng đào tạo các thế hệ thầy thuốc mai sau. Từ năm 1760, ông đã mở lớp dạy nghề y và viết sách. Ông không những thận trọng chu đáo trong việc khám bệnh kê đơn bốc thuốc mà còn đặc biệt thận trọng trong trước tác. Ông nói: "Việc trước thư lập ngôn không phải dễ. Ngạn ngữ có câu: cho thuốc không bằng cho phương vì thuốc chỉ cứu được một người, cho phương thì giúp người ta vô tận. Nhưng nghĩ cho kỹ nếu trong phương có một vị gì không đúng thì hàng trăm nhà chịu tai hại, huống chi viết lên sách mỗi lời nói đều thành khuôn phép nhất định khó mà thay đổi được, nhỡ trong câu có điều gì sai lầm thì tai hại còn lớn hơn những bài thuốc rất nhiều".

Ông tiếp thu kinh nghiệm của người xưa một cách có chọn lọc và linh hoạt sáng tạo không hề rập khuôn máy móc. Ông thẳng thắn chỉ ra những sai lầm khiếm khuyết của người xưa cho dù là các bậc danh nhân như Biển Thước, Lưu Hà Gian, Chu Đan Khê, Khiết Cổ... Ông coi những sai lầm đó không đó không được sữa chữa cải chính sẽ là "Ma chướng lớn cho Y đạo... là tai ách lớn cho dân sinh... để cái sai sót lại cho ngàn đời" và ông mạnh dạn "thâu tóm hàng trăm quyển đúc thành một pho để tiện xem tiện đọc" và "Làm sáng tỏ những chỗ văn chưa sáng nghĩa, những phần lý luận trước đây chưa đầy đủ", "Thà mắc tội với tiền bối chứ không phụ cái sở học của mình"... Từ đó ông có quan điểm mới về nhận định bệnh tật và phương pháp điều trị sáng tạo phừ hợp với các đặc điểm phong thổ, khí hậu và con người Việt Nam.

Qua gần 30 năm đúc kết tinh hoa của Y học cổ Trung Hoa và Y học cổ truyền Việt Nam, Lê Hữu Trác biên soạn bộ "Hải Thượng Y Tông Tâm Lĩnh" gồm 28 tập, 66 quyển, một trước tác đồ sộ chưa từng có trước và sau thời ông. Trong đó, ông đề cập đến mọi vấn đề về nội khoa, ngoại khoa, phụ khoa, nhi khoa, thương khoa, truyền nhiễm, cấp cứu, y đức, vệ sinh phòng bệnh, phương pháp nuôi dưỡng, chế biến các món ăn và kể cả việc trồng dâu nuôi tằm dệt vải... Ông đã tổng hợp và đúc kết hàng ngàn bài thuốc hay và phát hiện bổ sung hơn 350 vị thuốc mới. Điều đặc biệt là ông đã ghi lại những bệnh án hay, những ca thành công đặc biệt (trong tập Y dương án) và không ngần ngại nêu lên những sai lầm, những điều chưa biết tới chưa làm được của mình (trong tập Y âm án) để đồng nghiệp đương thời và các thế hệ mai sau cùng suy ngẫm, cùng nghiên cứu...

Cả cuộc đời Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác là một tấm gương sáng ngời về tinh thần trách nhiệm cao cả trong nghề nghiệp, lòng nhẫn nại đức hy sinh và lòng thương yêu người bệnh vô bờ bến. Đương thời Chúa Trịnh ban ân tứ cùng dụ rằng: "Lê Hữu Trác là một người siêu thoát trên tất cả mọi điều tục lụy ta cũng không muốn làm phật ý Người!". Người đời sau suy tôn ông bằng danh hiệu cao quý "Đại Y Tôn Việt Nam". Ông thực sự xứng đáng là người đã "dựng ngọn cờ đỏ thắm" trong nền Y học nước nhà.

Đánh giá cao tài năng và nhân cách của ông, năm 1990, Bộ Văn hoá - Thông tin đã xếp hạng Đền thờ và Lăng mộ Lê Hữu Trác là Di tích Lịch sử cấp Quốc gia; và ngày 26/11/2024, tại Quyết định số 1473/QĐ-TTg, Chính phủ đã xếp hạng Di tích Mộ và Khu lưu niệm Đại danh y Hải Thượng Lãn Ông Lê Hữu Trác ở huyện Hương Sơn (Hà Tĩnh) là Di tích Quốc gia đặc biệt.

Ngày 21/11/2023, tại phiên họp toàn thể lần thứ 42 của Đại hội đồng UNESCO (tại Cộng hòa Pháp) đã quyết định vinh danh ông, đưa vào danh sách tổ chức Lễ kỷ niệm cùng với 53 danh nhân và sự kiện của thế giới trong những năm 2024 - 2025.